Ёж Соник присоединяется к движению сопротивления, созданному его друзьями, вместе с новым новичком и другой версией самого себя. Вместе они должны остановить доктора Эггмана, который завоевал большую часть мира с помощью артефакта под названием Фантомный Рубин.