Сюжет повествует о событиях, происходящих спустя 25 лет после Mortal Kombat 2011 года выпуска. Внешний мир стал ещё большей угрозой, и на войну с повстанческой армией Милины вышли новые бойцы: дочь Джакса Жаклин Бриггс, сын Кенси Такаси Такеда и Кун Цзинь, потомок Кун Лао. Вместе им предстоит раздобыть загадочный амулет, тщательно охраняемый Милиной, дабы вновь предотвратить гибель Земного царства.