Сюжет игры разворачивается спустя девять месяцев после событий Arkham City. Главным злодеем является Пугало, который объявил о токсиновой атаке на Готэм-Сити и с помощью таинственного Рыцаря Аркхэма решил объединить всех опасных злодеев города с целью уничтожить Бэтмена.