Через четыре года после событий первой игры, Канг Завоеватель путешествует по разным временным линиям и реальностям, завоевывает и похищает свои самые любимые города, а затем объединяет их в одно место: Хронополис. Благодаря этому, различные супергерои берутся из своих собственных «домов» и переносятся туда, где они должны работать вместе, чтобы предотвратить угрозу Канга Завоевателя, который планирует захватить не только Хронополис, но и Вселенную.